Кандидат филологических наук (2002), доцент (2007), доктор филологических наук (2016).
Окончил среднюю школу с. Норваш Шигали (1986), ФГБОУ ВПО «Чувашский государственный университет им. И.Н. Ульянова» по специальности "Чувашский язык и литература" (1995). Там же получил второе высшее образование по специальности "Юриспруденция" (2000). Прошел профессиональную переподготовку в ФГБОУ ВПО "Российская академия народного хозяйства и государственной службы при Президенте Российской Федерации" по программе "Государственное и муниципальное управление" (2014).
Защитил диссертацию кандидата наук на тему «Чувашские эмотивные антропосемизмы и их синонимические ряды (пейоративное семантическое поле «человек»)» по специальности 10.02.02, а также диссертацию доктора филологических наук на тему «Фитонимическая картина мира в разноструктурных языках» по специальности 10.02.20.
Ю.Н. Исаев является автором более 80 научных и учебно-методических работ, из них 5 монографий в области языкознания, культуры и социологии.